С 1930 года по настоящее время во ВНИИГиМ успешно работали диссертационные советы, давшие путевку в жизнь многим молодым кандидатам и докторам наук. В разные годы функционировали от 1 до 4 специализированных советов. Помимо собственных аспирантов и докторантов в Институте защищались представители различных организаций из разных городов России: Ростова, Тюмени, Пензы, Омска, Новочеркасска, Чебоксар, Элисты, Волгограда, Махачкалы, Новочеркасска и др., а также и из зарубежных стран: Таджикистана, Белоруссии, Казахстана, Йемена, Непала. За весь период работы диссертационных советов защищено 970 диссертации, из них более 60 – докторских.

В соответствии с приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 15 июня 2023 г. № 1263/нк и на основании рекомендации Высшей аттестационной комиссии при Министерстве науки и высшего образования Российской Федерации от 9 июня 2023 г. № 16/7 на базе ФГБНУ «ВНИИГиМ им. А.Н. Костякова» создан совет по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук 24.1.007.01 по научной специальности 4.1.5. Мелиорация, водное хозяйство и агрофизика (технические науки).

В соответствии с приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 11 июня 2024 г. № 568/нк на базе ФГБНУ «ФНЦ ВНИИГиМ им. А.Н. Костякова» создан совет по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук 24.1.007.02 по научной специальности 4.1.5. Мелиорация, водное хозяйство и агрофизика (сельскохозяйственные науки).