Война ворвалась в жизнь института, как и всей страны, разрушив сложившийся ритм работы коллектива. Работа пошла более серьезно, как того требовал девиз: «Все для фронта, все для победы».
Уже на следующий день после нападения Германии на СССР, 23 июня 1941 г. сотрудниками института обеспечивается полная светомаскировка здания, устанавливается дежурство ответственных лиц во внеслужебное время, весь работающий персонал обеспечивается противогазами.
Многие ученые, инженеры, техники и специалисты уходят на фронт, в действующую армию и московское ополчение. Часть сотрудников зачисляется в Отдел специальных исследований, выполняющих заказы фронта.
За месяц и более до начала войны большинство сотрудников института находилось в экспедициях на полевых работах в Средней Азии. С объявлением войны им было дано указание продолжать исследования и до вызова во ВНИИГиМ не выезжать.
Герои Победы
Анилин Сергей Ефимович
Награжден орденом Отечественной войны 1-ой и 2-ой степени, орденом Красной Звезды, медалями «За взятие Кенинсберга» и «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».
Анисимов Владимир Алексеевич
Награжден медалью «За боевые заслуги» и «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».
Анциферов Евгений Сергеевич
Награжден медалями «За отвагу», «За освобождения Будапешта», «За освобождения Вены».