Действовавший в Институте диссертационный совет Д.006.038.01 на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук по специальности 06.01.02 – «Мелиорация, рекультивация и охрана земель» (сельскохозяйственные, технические науки) в связи с изменением перечня научных специальностей, по которым разрешается приём диссертаций для защиты, утверждённого Приказом Минобрнауки РФ от 13.01.21 № 5, прекратил свою деятельность.
В настоящее время в Департамент аттестации научных и научно-педагогических работников Минобрнауки РФ подано ходатайство «О выдаче разрешения на создание на базе ФГБНУ «ВНИИГиМ им. А.Н. Костякова» совета по защите диссертаций на соискание учёной степени кандидата наук, на соискание учёной степени доктора наук» по специальности 4.1.5 – «Мелиорация, водное хозяйство и агрофизика».
