На протяжении всей истории своего существования ВНИИГиМ был и остается общепризнанным лидером и крупнейшим центром подготовки высококвалифицированных научных кадров в области мелиорации и водного хозяйства как для своей системы и многих институтов отрасли, так и для других научных, проектных, строительных организаций страны.
С 1930 г. по настоящее время аспирантами, докторантами и соискателями института защищено более 1000 диссертаций, из них более 70 – докторских. Диссертационные работы посвящены современным вопросам мелиорации, в них подняты наиболее актуальные научные проблемы и предложены оригинальные пути их решения.
С 2007 года при Учёном совете ФГБНУ «ВНИИГиМ им. А.Н. Костякова» действует Совет молодых учёных. Основными целями деятельности Совета молодых ученых ВНИИГиМ являются:
- привлечение студентов и выпускников высших учебных заведений к работе во ВНИИГиМ и обучению в аспирантуре, а также создание условий способствующих закреплению молодежи в институте;
- содействие профессиональному росту молодых ученых и специалистов;
- вовлечение молодых специалистов в научно-исследовательскую деятельность по фундаментальным и прикладным направлениям, актуальным для мелиоративной отрасли;
- представление интересов молодых учёных и специалистов в Учёном совете ВНИИГиМ;
- создание условий для получения значимых научных результатов;
- пропаганда и содействие внедрению результатов исследований молодых учёных и специалистов;
- оказание помощи соискателям ученых степеней.
В настоящее время во ВНИИГиМ проходят обучение 8 очных аспирантов на бюджетной основе.